中医工程学是一门研究中医基本概念和基本原理的客观实在、生理和病理状态的测评与调理技术的一门自然科学意义下的综合性学科。
即借用礼仪、讲道、祭祀等方法沟通人与神（超自然）的关系，产生信仰以影响人的行为方式或生命进程。如道教倡导的宇宙和谐、天下太平是中医"天人相应"原理的思想渊源，通过修道积德以安乐幸福、长生久视是中医养生的指导原则。
即借用研究整个世界的本源和共性的演绎、归纳和顿悟式思辨方法研究生命的本源和共性。如精（无形之物）、气（能量）、形（有形体）、神（功能）是人体的基本组成和生命的共有属性。
即以国家或民族的历史地理、风土人情、文学艺术、思维方式为背景研究生命的组织架构。如阴阳、五行是中国传统文化的标志符号，也是传统中医学的理论框架。
即以固定人群的传统习俗、生活方式、行为规范、价值观念为背景研究影响生命的心理因素。如《素问·上古天真论》称："美其食，任其服，乐其俗，高下不相慕，其民故曰朴。是以嗜欲不能劳其目，淫邪不能惑其心，愚智贤不肖不惧于物，故合于道。"
即借用研究物质的结构、性质和运动规律的定量实证方法研究人体的组成和功能机制。如《灵枢·骨度》称："头之大骨围二尺六寸，胸围四尺五寸，腰围四尺二寸。"《素问·宝命全形论》称："人以天地之气生，四时之法成。"
中医工程学以传统中医学的宗教属性、哲学属性、文化属性和社会属性的认知成果为基础，以人体生命活动过程的15种功能的有效实施为目标导向，揭示其自然科学属性的综合性学科。
中医工程学包括7门基础性学科：
是一门研究五藏（音zàng）功能性质的固定结构、功能实现的流变结构、功能协同的调控结构、功能节律的关系结构的中医基础性学科。该学科给出了脾藏、肺藏、肾藏、肝藏、心藏、精、气、血、津、液、表、里等中医核心概念的客观实在性内涵。
是一门研究致病因素的客观实在及其致病机制的中医基础性学科。该学科给出了71种病因的客观实在和逻辑关系，并以520种常见病、多发病和特发病为线索，建立了中医病因与西医病因、中医病机与西医病理生理之间的映射关系。
是一门研究症状（包括体征、物理、化学和生物检测结果）的病因病机 的中医基础性学科。该学科给出了约1000个症状的中医病因病机与西医病因和病理生理的对应性解释，使传统的中医病机转化为可实验验证的病理机制。
是一门研究人体异常功能态势发生机制的中医基础性学科。该学科从五藏的15种功能出发，给出了约50种中医证候的中医病因病机与西医病因病理生理的对应性解释，使证候与症状、疾病一样，成为描述异常健康状态的第三类概念。
是一门研究中药缓解症状、证候和疾病机制的中医基础性学科。不同于传统中医学的性味归经和升降浮沉，也不同于借用西药药理学方法研究中药药理，该学科突出了症状、证候的特点，确立了可实验验证的全新药理架构。
是一门研究中医物理疗法（包括针刺、艾灸、推拿、刮痧、拔罐、放血等）作用于体表，治疗体表和体内疾病的生物学基础的中医基础性学科。该学科可望给出中医体表治疗的生物学基础。
是一门研究人体生物信号的生活和工作场景下长时程实时采集和危急重发病生前预警的中医基础性学科。该学科可望发现全新的中医症状和证候，为中医辨证体系输送新鲜血液，为中医诊断和疗效评价提供客观定量证据。
实现传统中医理论的自然科学化 传统的中医理论是针对诊疗规律的解释性理论，难以证明证伪。中医工程学可实现中医核心概念的客观实在性内涵界定，可实现人体15种功能执行结构的实验室检验。
实现传统中医诊疗技术的工程化 传统的中医诊疗技术是望闻问切、辨证论证的个体化诊疗技术。中医工程学可建立普遍适用的诊疗规范和评估标准，可实现50种常见异常功能态势的客观测评。